明朝末年朝纲不振，内有奸官当道，外有倭寇横行，为使百姓免遭涂炭之苦，大将戚继光和其堂弟、兵部侍郎戚继宇励精图治，联手组建戚家军，在抗击倭寇的战斗中捷报频传。
倭寇首领大岛正雄不甘心自己的失败，施重金贿赂昏君的心腹、司礼大太监童大宝向昏君进谗言，以图谋造反的罪名欲将闻名天下的戚家军就地解散。
刚正不阿的戚继宇在儿子戚少正的协助下得到了童大宝暗通倭寇的证据，不料消息败露，童大宝抢先下毒手，不仅将戚继宇手中的证据销毁，而且以莫须有的罪名将戚家满门抄斩。并为斩草除根，悬重金追杀戚家唯一幸存的后人戚少正。
走投无路的戚少正被北少林的主持方丈至一收为徒弟，取法号云志。童大宝率锦衣卫赶来，以血洗少林相威胁，要他们交出云志。少林众僧宁死不屈，奋力抵抗。丧心病狂的童大宝下令火烧少林，至一禅师舍身护法，在熊熊烈火中成就大善。临终前，他命武僧三脚带着自己的血书，护送云志投奔南少林的圆照方丈。
云志和师兄踏上了去南少林学艺的征途。一路上云志结识了一班性格各异的师兄弟，甚至还结识了墙院旁边一群小尼姑，更与女扮男装混入少林学艺的日本女孩华子结为好友，演出了一段梁山伯与祝英台的故事。
云志和一群志同道合的年轻人同门学艺，同仇敌忾，终于重建戚家军，将残暴的倭寇彻底的消灭，而云志也以自己的旷世武功，手刃了以童大宝为首的奸党，报了国恨家仇。
曾经先后和云志产生过情感纠葛的小妮、红莲、白荷和华子纷纷赶来，这些不同性情却同样可爱的女子，哪 一个才是他的真爱所归，伫立在于自己有再造之恩的少林寺中，面对千百年来的佛法清规，云志陷入了难以选择的彷徨之中……
