新的舞台上，小志和皮卡丘一行人正朝着烽烟四起的宝石大陆旅行，那里有还有许多未知的宏物小精灵和他们不知道的对手们在等着他们。他们一行人朝着战斗领域出发，以芳缘联盟大赛为目标而努力着。他们的旅行还在不断的延续着。。。。

皮卡丘加入火箭队！？
抵达水都市！能量方块的燕返斩！
神奇宝贝竞赛！水静大会！！
那三只神奇宝贝登场，审判学校之岛！
珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！
古空棘鱼与深海的秘宝！
猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜
肌肉对战！？双打比赛！！
固拉多VS盖欧卡！！
海与大地的死战！固拉多VS盖欧卡！1
小枫和小兰！宇宙中心之战！
绿岭道馆！太阳岩与月石！
海男！四大天王源次登场！！
诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！！
伊莎贝岛神奇宝贝华丽大赛！
封印巨大念力土偶吧！
大嘴娃恋爱了！乐天河童的花道！
大鄂蚁和超音波幼虫！梦幻之湖！
阿勃梭鲁！悄悄靠近的灾祸之影！
收服雪童子吧！
拯救拉鲁多斯！小胜快点！
琉璃市！水之艺术师丒阿当！（前篇）
琉璃市！水之艺术师丒阿当！（后篇）
直冲熊！友情的形式！